Kulturarvsenheden er museets faglige hold, der består af hovedsageligt arkæologer, historikere og konservatorer. Enheden har ansvaret for forskning, indsamling, registrering og bevaring inden for Museum Sydøstdanmarks fagområder arkæologi, nyere tid, borge, kunsthåndværk og design. Enheden varetager myndighedsopgaver i henhold til museumsloven inden for arkæologi, nyere tid samt fortidsminder.
Rammer, værdier og målsætninger for arbejdet i Kulturarvsenheden på Museum Sydøstdanmark er beskrevet i strategier, der relaterer sig til indsamling, registrering, bevaring, forskning og formidling. Strategierne inden for de fem områder ses i tæt sammenhæng med hinanden. Strategierne opfattes som dynamiske strategier, der løbende udvikler sig i tæt sammenhæng med museets øvrige aktiviteter.
Kulturarvsenheden bidrager med medarbejdere til det flerfaglige team, som er tilknyttet de enkelte afdelinger og forpligter sig herigennem til at tage medansvar for den enkelte afdelings drift og udvikling. Det flerfaglige team består af 3-4 personer og ledes af en af museets afdelingsledere eller chefer. Teamet kan naturligvis udvides ad hoc, hvis særlige projekter, udstillinger eller andet kræver det.
Museets samlede strategier på kulturarvsområdet fungerer som retninglinje for museets faglige arbejde. Strategierne kan findes her.